Jupp Heynckes megbízatása csak az utolsó öt bajnoki mérkőzésre szólt, így 2009 nyarán új vezetőedzőt kellett keresniük a klubvezetőknek. A kiválasztott a ’90-es évek holland sikeredzője, Louis van Gaal lett, aki már az első munkanapján ígéretet tett arra, hogy néhány éven belül ismét Európa legjobbjai közé fog tartozni a Bayern. Ennek ellenére a szezon meglehetősen döcögősen indult, a csapat a klub történetének leggyengébb rajtját tudhatta maga mögött szeptemberre.
Nem csoda, hogy az utolsó pillanatban még aktivizálta magát az átigazolási piacon a vezetőség, és gyorsan leigazolta a Real Madrid szélsőjét, Arjen Robbent. A szélvészgyors holland egy csapásra megváltoztatta a csapat játékát, a Bayern pedig végre elindult a Van Gaal által kitalált úton. Hétről-hétre, hónapról-hónapra jobb lett a játék, melynek eredményeképpen végül a klub története egyik legsikeresebb szezonját zárta 2010 tavaszán, hiszen a bajnoki cím és a német kupagyőzelem mellett 9 év után ismét Bajnokok Ligája döntőt játszhatott a Bayern, ráadásul úgy, hogy a negyeddöntők során a Manchester United ellen mindkét mérkőzésen csodálatos feltámadást produkált a rekordbajnok. Bár a madridi fináléban az Internazionale 2:0-ra győzött, Van Gaal egy év alatt teljesítette kitűzött célját: a Bayern ismét ott van Európa legjobbjai között.
A holland mester második – és mint kiderült, egyben utolsó – szezonja Münchenben ugyanakkor már korántsem hozott ekkora sikereket, egész pontosan a klub ismét mélypontra került, akárcsak 2009-ben, vagy 2007-ben. A bajnokságban már nagyon korán óriási hátrányba került a Bayern a végig domináló Dortmunddal szemben, és végül a Hannoverrel kellett megküzdenie a BL-selejtezőt érő harmadik helyért. A Német Kupában bár nem állt messze a sikertől a csapat, hiszen a berlini döntőben a másodosztályú Duisburg lett volna az ellenfél, a müncheni elődöntőben a szintén gyengélkedő Schalke 1:0-ra győzni tudott – Németországban tehát megtört a rekordbajnok uralma. A Bajnokok Ligájában is korán jött a búcsú, és talán az összes közül ez volt a legfájóbb: a legjobb 16 között a tavalyi győztes Interrel futott össze Van Gaal csapata, és hiába győzött Milánóban 1:0-ra, valamint hiába vezetett Münchenben a 60. percig nagyszerű játékkal 2:1-re a Bayern, az olaszok fordítani tudtak, és több idegenben lőtt góllal továbbjutottak.
Ez volt az utolsó szög a Bayern idényének koporsójában, és egyúttal Louis van Gaal sorsa is megpecsételődött: öt fordulóval a szezon vége előtt menesztették a kispadról, helyét pedig ideiglenesen az addigi másodedző, Andries Jonker vette át. A minimális célkitűzést, azaz a harmadik helyet végül sikerült elérni, hogy aztán 2011 nyarától már Jupp Heynckes irányítsa a Bayernt. A Van Gaal-éra a rutinos német mesterrel kezdődött, és vele is végződött…
